Vì Tsushima chịu thiệt hại nặng nề vì không còn giao thương với Triều tiên do cuộc xâm lược, Yoshitoshi nhà Sō, sau đó thống trị Tsushima, cử bốn đoàn đàm phán hòa bình đến Triều Tiên năm 1599: 3 đoàn đầu bị bắt và bị quân Trung Quốc giải đến Bắc Kinh, nhưng đoàn thứ 4 năm 1601 nhận được các điều kiện từ Seoul trong việc hoàn trả người Triều Tiên bị bắt giữ.[158] Tuy nhiên, động cơ chính để Triều Tiên hướng đến bình thường hóa quan hệ với Nhật Bản là việc rút lui quân đội Trung Quốc, vì chính quân Trung Quốc cũng tàn phá không kém gì quân Nhật.[158] Yoshitoshi sau đó thả vài tù binh Triều Tiên, và, trong các năm 1603 – 1604, giúp hai sứ thần Triều Tiên hồi hương cho thêm 3.000 người nữa bằng cách tổ chức đàm phán tại Kyoto với Tokugawa Ieyasu, khi ấy là Shogun của nước Nhật.[158]

Khi tiếp tục đàm phán hòa bình, năm 1606, Triều Tiên yêu cầu Shogun phải viết một bức thư chính thức đề nghị hòa bình, và binh lính Nhật mạo phạm đến lăng mộ hoàng gia ở Seoul phải bị dẫn độ sang.[158] Không thể đáp ứng được yêu cầu này, Yoshitoshi gửi một bức thư giả mạo và một nhóm tội phạm thế vào đó; bất chấp sự lừa dối rõ ràng đó, sự cần thiết phải xua đi đám binh lính Trung Quốc khiến người Triền Tiên năm 1608 phải cử đi một sứ đoàn.[158] Kết quả cuối cùng của chuyến đi là việc hoàn trả lại hàng trăm người Triều Tiên cũng như phục hồi quan hệ ngoại giao giữa hai quốc gia.[159]